Το Τμήμα Υγείας των Ζώων είναι υπεύθυνο για όλες τις πτυχές του σχεδιασμού, της μεθοδολογικής καθοδήγησης και της εφαρμογής της πρόληψης, της επιτήρησης, του ελέγχου και της εξάλειψης των ζωονόσων και των ζωικών ασθενειών στη Δημοκρατία της Βουλγαρίας. Το τμήμα συνεργάζεται στενά με τη ΓΔ SANTE της ΕΚ, τον Παγκόσμιο Οργανισμό για την Υγεία των Ζώων (OIE), την Ευρωπαϊκή Επιτροπή για τον έλεγχο του αφθώδους πυρετού (EuFMD) στον FAO, την Ευρωπαϊκή Αρχή για την Ασφάλεια των Τροφίμων (EFSA), τις κτηνιατρικές διοικήσεις των κρατών μελών και των γειτονικών χωρών. τρίτες χώρες και τα κορυφαία διαγνωστικά και ερευνητικά ινστιτούτα στην Ευρώπη.