Η απλή απάντηση είναι όχι, διότι είναι δύσκολο να διατηρηθεί μια υψηλή θερμοκρασία στην οποία θα σκοτώνονταν οι παθογόνοι μικροοργανισμοί. Η καταλληλότητα για κομποστοποίηση εξαρτάται από την ίδια την ασθένεια. Αυτές οι ασθένειες, οι οποίες αναπτύσσονται μόνο σε ζωντανά φυτά, μπορούν να κομποστοποιηθούν.