Η πιο επικίνδυνη ασθένεια του κυδωνιού είναι ο θάνατος των κόμβων. Άλλες συχνές ασθένειες είναι η σκουριά, η μαλακή σήψη, οι καφέ και οι πικρές κηλίδες.

Από τους εχθρούς που προσβάλλουν το κυδώνι, ζημιές προκαλούν το σκουλήκι των καρπών της μηλιάς, το ανατολικό σκουλήκι των καρπών, ο σκώρος των ορυχείων, οι φυλλοφάγες κάμπιες, οι ψείρες των φύλλων και του θυρεοειδούς, το σκαθάρι των βρύων, οι φυλλορύκτες και άλλοι.